Quy Trình Kiểm Toán Báo Cáo Tài Chính Từ A Đến Z: Doanh Nghiệp Doanh Thu 300 Tỷ Cần Biết Gì?

Nghị định 90/2025/NĐ-CP đã đưa hàng nghìn doanh nghiệp “quy mô lớn” vào diện kiểm toán bắt buộc kể từ 14/4/2025. Nhiều doanh nghiệp có doanh thu trên 300 tỷ đồng lần đầu tiên phải kiểm toán BCTC nhưng chưa hình dung quy trình kiểm toán gồm mấy bước, diễn ra trong bao lâu và doanh nghiệp cần phối hợp như thế nào. Bài viết này giải đáp toàn bộ từ A đến Z.

Mục lục:

• 1. Giai đoạn 1 – Ký hợp đồng kiểm toán
• 2. Giai đoạn 2 – Lập kế hoạch kiểm toán
• 3. Giai đoạn 3 – Kiểm toán sơ bộ (Pre-audit)
• 4. Giai đoạn 4 – Kiểm toán chi tiết (Final audit)
• 5. Giai đoạn 5 – Phát hành báo cáo kiểm toán
• 6. Timeline tổng quan quy trình kiểm toán
• Câu hỏi thường gặp
• Kết luận

1. Giai Đoạn 1 – Ký Hợp Đồng Kiểm Toán

Đây là bước khởi đầu và cũng là bước quan trọng nhất quyết định chất lượng cuộc kiểm toán. Doanh nghiệp cần lưu ý:

1.1. Lựa chọn công ty kiểm toán phù hợp

Không phải công ty kiểm toán nào cũng phù hợp với mọi doanh nghiệp. Doanh nghiệp doanh thu trên 300 tỷ nên chọn công ty kiểm toán có:

• Kinh nghiệm trong ngành của doanh nghiệp (sản xuất, xây dựng, thương mại, dịch vụ)
• Đội ngũ kiểm toán viên có chứng chỉ CPA Việt Nam và kinh nghiệm thực tế
• Uy tín trên thị trường – được Bộ Tài chính cấp phép và không bị xử phạt vi phạm
• Năng lực phù hợp với quy mô – có đủ nhân sự để phục vụ doanh nghiệp lớn

Tham khảo chi tiết tại: Cách chọn công ty kiểm toán uy tín cho DN doanh thu trên 300 tỷ

1.2. Thời điểm ký hợp đồng

Doanh nghiệp nên ký hợp đồng kiểm toán trước ngày 30/9 hàng năm để:

• Kiểm toán viên có đủ thời gian tìm hiểu doanh nghiệp
• Thực hiện kiểm toán sơ bộ (pre-audit) trong quý IV
• Tránh tình trạng “cháy” mùa kiểm toán (tháng 1-3 năm sau) khi tất cả DN đều cần kiểm toán

1.3. Nội dung hợp đồng kiểm toán

Hợp đồng kiểm toán theo Mẫu quy định tại Chuẩn mực đạo đức nghề nghiệp kế toán, kiểm toán bao gồm: phạm vi kiểm toán, trách nhiệm các bên, phí kiểm toán, thời gian thực hiện, số lượng báo cáo, điều khoản bảo mật. Xem thêm về chi phí kiểm toán BCTC năm 2026.

2. Giai Đoạn 2 – Lập Kế Hoạch Kiểm Toán

Sau khi ký hợp đồng, đội kiểm toán sẽ tiến hành lập kế hoạch – giai đoạn này quyết định chiến lược và phương pháp kiểm toán. Theo VSA 300 (Lập kế hoạch kiểm toán BCTC), các bước bao gồm:

2.1. Tìm hiểu doanh nghiệp và môi trường kinh doanh

• Ngành nghề hoạt động, đặc điểm kinh doanh, chuỗi giá trị
• Cơ cấu tổ chức, ban lãnh đạo, cổ đông/thành viên
• Khung pháp lý áp dụng (Luật Doanh nghiệp, Luật Thuế, chuẩn mực kế toán VAS)
• Các giao dịch với bên liên quan theo quy định của VAS 26

2.2. Đánh giá rủi ro trọng yếu

Kiểm toán viên xác định mức trọng yếu (materiality) – thường từ 0,5% đến 2% doanh thu hoặc 5%-10% lợi nhuận trước thuế – và đánh giá rủi ro có sai sót trọng yếu trên từng khoản mục BCTC. Ví dụ, với doanh nghiệp doanh thu 500 tỷ, mức trọng yếu tổng thể có thể được xác định là 5 tỷ đồng.

2.3. Tìm hiểu hệ thống kiểm soát nội bộ (KSNB)

Kiểm toán viên đánh giá thiết kế và vận hành của hệ thống KSNB trong 5 thành phần theo COSO:

• Môi trường kiểm soát
• Đánh giá rủi ro của doanh nghiệp
• Hoạt động kiểm soát (phê duyệt, đối chiếu, phân chia trách nhiệm)
• Thông tin và truyền thông
• Giám sát

2.4. Lập chương trình kiểm toán chi tiết

Dựa trên đánh giá rủi ro, kiểm toán viên xây dựng chương trình kiểm toán cho từng phần hành (doanh thu, chi phí, tài sản, công nợ, thuế…), xác định các thủ tục cần thực hiện, cỡ mẫu kiểm tra, và phân công nhân sự.

3. Giai Đoạn 3 – Kiểm Toán Sơ Bộ (Pre-audit)

Kiểm toán sơ bộ thường diễn ra từ tháng 10 đến tháng 11, trước khi kết thúc năm tài chính. Đây là giai đoạn đặc biệt quan trọng với doanh nghiệp kiểm toán lần đầu.

Nội dung kiểm toán sơ bộ:

• Kiểm tra hệ thống KSNB (Test of Controls): kiểm toán viên chọn mẫu các giao dịch 9-10 tháng đầu năm để kiểm tra xem các quy trình kiểm soát có hoạt động hiệu quả không. Ví dụ: quy trình phê duyệt thanh toán, quy trình nhập kho, quy trình ghi nhận doanh thu.
• Rà soát sơ bộ các khoản mục lớn: kiểm tra tính hợp lý của doanh thu, chi phí, hàng tồn kho 9-10 tháng; phát hiện các bất thường cần giải trình.
• Gửi thư xác nhận sớm: xác nhận số dư công nợ, số dư ngân hàng tại thời điểm sơ bộ (thường là 30/9 hoặc 31/10).
• Phát hiện vấn đề sớm: nhận diện các sai sót, yếu kém trong hệ thống kế toán để doanh nghiệp có thời gian khắc phục trước kết thúc năm.

Lợi ích của kiểm toán sơ bộ: Giúp giảm đáng kể khối lượng công việc tại giai đoạn kiểm toán chi tiết, rút ngắn thời gian phát hành báo cáo, và tăng chất lượng kiểm toán.

4. Giai Đoạn 4 – Kiểm Toán Chi Tiết (Final Audit)

Đây là giai đoạn chính, thường diễn ra từ tháng 1 đến tháng 3 năm sau. Kiểm toán viên thực hiện các thủ tục kiểm tra chi tiết (substantive procedures) trên từng phần hành của BCTC.

4.1. Kiểm toán doanh thu (TK 511, 515, 711)

Đây là phần hành có rủi ro cao nhất theo ISA 240 (Trách nhiệm của kiểm toán viên liên quan đến gian lận). Kiểm toán viên kiểm tra:

• Có thật (Occurrence): doanh thu có phát sinh từ giao dịch thực hay không? Đối chiếu hóa đơn – hợp đồng – phiếu xuất kho – sao kê ngân hàng
• Đầy đủ (Completeness): có doanh thu nào chưa ghi nhận không? Kiểm tra giao dịch quanh ngày 31/12
• Đúng kỳ (Cut-off): doanh thu ghi nhận đúng năm tài chính chưa? Test doanh thu tháng 12 và tháng 1 năm sau
• Đúng giá trị (Accuracy): số tiền ghi nhận có khớp với hóa đơn và hợp đồng không?

4.2. Kiểm toán hàng tồn kho (TK 152, 153, 154, 155, 156)

• Chứng kiến kiểm kê tại ngày 31/12: kiểm toán viên tham gia quan sát hoặc thực hiện kiểm kê mẫu
• Kiểm tra giá gốc: phương pháp tính giá (bình quân gia quyền, FIFO, đích danh) có nhất quán không?
• Đánh giá giá trị thuần có thể thực hiện (NRV): hàng tồn kho lỗi thời, hư hỏng, giá bán thấp hơn giá gốc cần lập dự phòng giảm giá HTK (TK 2294)

4.3. Kiểm toán tài sản cố định (TK 211, 213, 214)

• Tồn tại (Existence): tài sản trên sổ sách có tồn tại thực tế không? Kiểm tra vật lý mẫu TSCĐ
• Quyền sở hữu (Rights): doanh nghiệp có quyền sở hữu hợp pháp không? Kiểm tra giấy tờ chứng minh quyền sở hữu (sổ đỏ, hợp đồng mua bán, đăng ký xe…)
• Khấu hao đúng (Valuation): thời gian khấu hao có phù hợp Thông tư 45/2013/TT-BTC không? Phương pháp khấu hao có nhất quán không?

4.4. Kiểm toán công nợ phải thu, phải trả (TK 131, 331)

• Gửi thư xác nhận công nợ đến khách hàng/nhà cung cấp – đây là bằng chứng kiểm toán mạnh nhất (bên thứ 3 độc lập)
• Đối chiếu số dư giữa sổ chi tiết và biên bản đối chiếu công nợ
• Đánh giá khả năng thu hồi: công nợ quá hạn lâu ngày cần lập dự phòng phải thu khó đòi (Thông tư 48/2019/TT-BTC)

4.5. Kiểm toán thuế (TNDN, GTGT, thuế nhà thầu)

• Rà soát chênh lệch thuế: so sánh chi phí kế toán với chi phí được trừ thuế TNDN theo Thông tư 78/2014/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 96/2015)
• Kiểm tra thuế GTGT: đối chiếu tờ khai với sổ sách, kiểm tra hóa đơn đầu vào có hợp lệ không
• Thuế nhà thầu: kiểm tra các khoản thanh toán cho nhà thầu nước ngoài đã khấu trừ thuế đúng chưa
• Thuế hoãn lại: xác định chênh lệch tạm thời giữa cơ sở thuế và giá trị ghi sổ tài sản/nợ phải trả

5. Giai Đoạn 5 – Phát Hành Báo Cáo Kiểm Toán

Sau khi hoàn tất kiểm tra chi tiết, kiểm toán viên tổng hợp kết quả và phát hành báo cáo kiểm toán. Theo chuẩn mực kiểm toán Việt Nam, có 4 loại ý kiến kiểm toán:

Quy trình phát hành:

1. Kiểm toán viên trao đổi các phát hiện với Ban Giám đốc (Management Letter)
2. Doanh nghiệp giải trình và điều chỉnh BCTC (nếu đồng ý)
3. Kiểm toán viên thu thập Thư giải trình của Ban Giám đốc (theo VSA 580)
4. Soát xét chất lượng kiểm toán (EQCR – đối với khách hàng lớn)
5. Ký và phát hành báo cáo kiểm toán chính thức

6. Timeline Tổng Quan Quy Trình Kiểm Toán

Dưới đây là timeline dự kiến cho doanh nghiệp có niên độ tài chính kết thúc ngày 31/12:

Tổng thời gian: Khoảng 8-9 tháng từ khi ký hợp đồng đến khi phát hành báo cáo kiểm toán. Thời gian kiểm toán viên làm việc tại doanh nghiệp (fieldwork) thường từ 2-4 tuần tùy quy mô và mức độ phức tạp.

Câu Hỏi Thường Gặp

Kiểm toán báo cáo tài chính mất bao lâu?

Thời gian thực tế kiểm toán viên làm việc tại doanh nghiệp (fieldwork) thường từ 2 đến 4 tuần, tùy thuộc vào quy mô doanh nghiệp, mức độ phức tạp của hoạt động và chất lượng hồ sơ kế toán. Doanh nghiệp doanh thu 300-500 tỷ thường mất khoảng 2-3 tuần; doanh thu trên 500 tỷ có thể mất 3-4 tuần hoặc hơn. Tuy nhiên, tổng thời gian từ khi bắt đầu đến khi phát hành báo cáo có thể kéo dài 2-3 tháng do phụ thuộc vào tiến độ cung cấp tài liệu của doanh nghiệp và thời gian thu thập thư xác nhận.

Doanh nghiệp cần cử ai làm việc với kiểm toán viên?

Doanh nghiệp nên cử một đầu mối liên lạc chính (thường là Kế toán trưởng hoặc Phó phòng kế toán) để phối hợp với đội kiểm toán. Ngoài ra, cần có sự tham gia của:

• Kế toán tổng hợp: giải trình số liệu BCTC, cung cấp sổ sách
• Kế toán thuế: giải trình các vấn đề thuế TNDN, GTGT, TNCN
• Kế toán kho/TSCĐ: phối hợp kiểm kê, giải trình số liệu tồn kho, tài sản
• Nhân sự: cung cấp hồ sơ lao động, BHXH
• Ban Giám đốc: trao đổi các vấn đề quản trị, ký Thư giải trình cuối cùng

Ý kiến ngoại trừ (qualified opinion) có nghiêm trọng không?

Ý kiến ngoại trừ cho thấy BCTC về cơ bản vẫn trung thực và hợp lý, ngoại trừ những vấn đề cụ thể được nêu. Đây không phải là thảm họa nhưng cũng cần được xem xét nghiêm túc. Trong thực tế, doanh nghiệp kiểm toán lần đầu không hiếm khi nhận ý kiến ngoại trừ do vấn đề số dư đầu kỳ (VSA 510). Tuy nhiên, doanh nghiệp nên nỗ lực khắc phục để năm sau đạt ý kiến chấp nhận toàn phần, vì báo cáo kiểm toán sạch (clean opinion) tạo uy tín tốt hơn với ngân hàng, đối tác và cơ quan quản lý. Tìm hiểu thêm về đội ngũ chuyên gia kiểm toán tại iGlobal.

Kết Luận

Quy trình kiểm toán BCTC gồm 5 giai đoạn chính: ký hợp đồng, lập kế hoạch, kiểm toán sơ bộ, kiểm toán chi tiết và phát hành báo cáo. Với doanh nghiệp doanh thu trên 300 tỷ lần đầu kiểm toán theo Nghị định 90/2025/NĐ-CP, điều quan trọng nhất là chủ động chuẩn bị sớm – ký hợp đồng kiểm toán trước tháng 9, chuẩn bị đầy đủ hồ sơ và cử đội ngũ kế toán phối hợp tốt với kiểm toán viên.

Một cuộc kiểm toán thuận lợi không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật mà còn là cơ hội để cải thiện hệ thống kế toán, kiểm soát nội bộ và nâng cao uy tín trên thị trường.

👉 Liên hệ Kiểm toán iGlobal để được tư vấn miễn phí về quy trình kiểm toán BCTC cho doanh nghiệp doanh thu trên 300 tỷ!

📞 Hotline: 028 7308 0809

Bài viết liên quan:

• Hồ Sơ Cần Chuẩn Bị Khi Kiểm Toán BCTC Lần Đầu
• Các Chỉ Tiêu Kiểm Toán Bắt Buộc Đối Với DN Doanh Thu Trên 300 Tỷ
• DN Nào Phải Kiểm Toán? Cách Xác Định Theo 3 Tiêu Chí Mới
• Doanh Thu 300 Tỷ Phải Kiểm Toán – Nghị Định 90/2025
• Cách Chọn Công Ty Kiểm Toán Uy Tín