Sàn TMĐT Khấu Trừ, Nộp Thay Thuế 2026: Quy Định Mới Nhất

Đội ngũ chuyên gia iGlobal · Cập nhật: Tháng 8/2026

Từ ngày 01/07/2025, các sàn thương mại điện tử có chức năng thanh toán như Shopee, Lazada, TikTok Shop, Tiki bắt buộc phải khấu trừ thuế GTGT và thuế TNCN ngay trên từng đơn hàng, rồi nộp thay cho người bán vào ngân sách nhà nước. Đây là thay đổi lớn nhất trong quản lý thuế thương mại điện tử tại Việt Nam theo Nghị định 117/2025/NĐ-CP, ảnh hưởng trực tiếp đến hàng triệu hộ kinh doanh, cá nhân bán hàng online và cả các doanh nghiệp vận hành nền tảng số. Bài viết dưới đây giải thích chi tiết cơ chế khấu trừ, mức thuế suất, ngưỡng miễn thuế mới và những rủi ro pháp lý doanh nghiệp cần lưu ý.

Sàn thương mại điện tử khấu trừ, nộp thay thuế là gì?

Đây là cơ chế bắt buộc sàn TMĐT tự động trừ tiền thuế GTGT và TNCN ngay khi giao dịch thanh toán thành công, sau đó kê khai và nộp số thuế đó vào ngân sách nhà nước thay cho người bán, thay vì để hộ kinh doanh, cá nhân tự kê khai như trước đây.

Cơ chế này được quy định tại Nghị định 117/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ 01/07/2025, nhằm siết chặt quản lý thuế đối với hoạt động kinh doanh trên nền tảng số — lĩnh vực trước đây rất khó kiểm soát doanh thu thực tế do giao dịch phân tán, số lượng người bán lớn và dòng tiền đi qua nhiều trung gian thanh toán.

Với cơ chế khấu trừ tại nguồn, người bán không cần tự đi nộp phần thuế đã bị sàn trừ, cơ quan thuế cũng giảm được rủi ro thất thu do người bán không tự giác kê khai. Chủ quản nền tảng — theo quy định tại Nghị định 117/2025/NĐ-CP — có trách nhiệm quản lý tài khoản định danh do cơ quan thuế cấp và lưu trữ dữ liệu giao dịch phục vụ công tác quản lý thuế của Bộ Tài chính.

Sàn TMĐT nào phải thực hiện khấu trừ thuế?

Chỉ sàn TMĐT hoặc nền tảng số có đồng thời hai chức năng: đặt hàng trực tuyến và thanh toán trực tuyến mới phải khấu trừ, khai thay, nộp thay thuế cho hộ, cá nhân kinh doanh bán hàng trên nền tảng của mình.

Trường hợp sàn chỉ có chức năng đặt hàng, kết nối người mua – người bán nhưng không xử lý thanh toán (ví dụ người mua thanh toán trực tiếp bằng tiền mặt khi nhận hàng, hoặc chuyển khoản thẳng cho người bán ngoài hệ thống sàn), hộ kinh doanh và cá nhân vẫn phải tự kê khai, tự nộp thuế theo phương pháp kê khai quy định tại Thông tư 40/2021/TT-BTC như trước khi có Nghị định 117/2025/NĐ-CP.

Doanh nghiệp bán hàng trên sàn (không phải hộ kinh doanh cá thể) thì vẫn tự kê khai, nộp thuế GTGT và thuế TNDN theo cơ chế thông thường — cơ chế khấu trừ tại nguồn của Nghị định 117/2025/NĐ-CP chỉ áp dụng cho hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh, không áp dụng cho pháp nhân doanh nghiệp.

Căn cứ pháp lý: Nghị định 117/2025/NĐ-CP quy định gì?

Nghị định 117/2025/NĐ-CP được Chính phủ ban hành ngày 09/06/2025, có hiệu lực từ 01/07/2025, là văn bản pháp lý trực tiếp quy định trách nhiệm khấu trừ, khai thay, nộp thay thuế của tổ chức quản lý nền tảng TMĐT.

Nghị định quy định rõ: chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số có chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán có trách nhiệm khấu trừ, khai thay và nộp thay số thuế đã khấu trừ đối với mỗi giao dịch cung cấp hàng hóa, dịch vụ của hộ, cá nhân kinh doanh phát sinh trên nền tảng. Sàn phải cấp chứng từ khấu trừ thuế điện tử cho người bán theo kỳ hoặc theo năm để người bán đối chiếu, làm căn cứ quyết toán hoặc xin hoàn thuế nếu cần.

Song song đó, Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15 chính thức xóa bỏ thuế khoán và lệ phí môn bài đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh từ ngày 01/01/2026. Từ thời điểm này, hộ kinh doanh chỉ còn nộp hai loại thuế là GTGT và TNCN, chuyển hẳn từ phương pháp khoán sang phương pháp kê khai — đồng bộ với cơ chế khấu trừ tại nguồn của sàn TMĐT.

Mức thuế suất khấu trừ trên sàn TMĐT là bao nhiêu?

Mức khấu trừ phổ biến nhất là 1,5% trên doanh thu bán hàng hóa (1% thuế GTGT + 0,5% thuế TNCN), áp dụng cho phần lớn giao dịch bán hàng hóa vật lý qua sàn. Phần thuế TNCN bị khấu trừ này độc lập với nghĩa vụ quyết toán thuế TNCN cuối năm nếu cá nhân có thêm thu nhập từ tiền lương — xem chi tiết tại biểu thuế TNCN và các khoản giảm trừ 2026.

Các nhóm ngành nghề khác có mức khấu trừ khác nhau, dựa trên biểu thuế khoán tại Thông tư 40/2021/TT-BTC mà cơ quan thuế vẫn dùng làm căn cứ áp dụng cho cơ chế khấu trừ tại nguồn:

Loại hình kinh doanh	Thuế GTGT	Thuế TNCN	Tổng khấu trừ
Phân phối, cung cấp hàng hóa	1%	0,5%	1,5%
Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu	5%	2%	7%
Vận tải, dịch vụ có gắn hàng hóa	3%	1,5%	4,5%
Sản xuất, xây dựng bao thầu nguyên vật liệu	3%	1,5%	4,5%

Số thuế bị khấu trừ được tính trên tổng doanh thu ghi nhận thành công của từng đơn hàng, kể cả khi người bán chưa nhận được tiền thực tế do sàn giữ lại phí dịch vụ, phí vận chuyển. Số tiền còn lại sau khấu trừ mới được chuyển vào tài khoản người bán.

Quy trình khấu trừ, nộp thay và cấp chứng từ diễn ra như thế nào?

Quy trình gồm 4 bước: sàn xác định doanh thu giao dịch → tự động trừ thuế theo tỷ lệ tương ứng → kê khai, nộp số thuế đã trừ cho cơ quan thuế theo kỳ → cấp chứng từ khấu trừ điện tử cho người bán.

1. Bước 1 — Ghi nhận doanh thu: Hệ thống sàn ghi nhận doanh thu của từng giao dịch thanh toán thành công theo thời gian thực.
2. Bước 2 — Khấu trừ tại nguồn: Sàn tự động trừ số thuế GTGT và TNCN theo tỷ lệ ngành nghề tương ứng, trước khi chuyển tiền còn lại cho người bán.
3. Bước 3 — Khai thay, nộp thay: Sàn tổng hợp số thuế đã khấu trừ của tất cả người bán trong kỳ (tháng/quý), lập tờ khai và nộp vào ngân sách nhà nước qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, theo đúng hạn kê khai thuế hàng tháng — xem thêm lịch nộp thuế GTGT, TNCN, TNDN, BHXH mới nhất.
4. Bước 4 — Cấp chứng từ khấu trừ: Sàn cấp chứng từ khấu trừ thuế điện tử cho từng người bán theo kỳ hoặc theo năm, làm căn cứ để người bán đối chiếu doanh thu, xin hoàn thuế (nếu đủ điều kiện) hoặc quyết toán các nghĩa vụ thuế khác.

Người bán có trách nhiệm lưu giữ chứng từ khấu trừ thuế điện tử do sàn cấp tối thiểu trong thời hạn lưu trữ hồ sơ kế toán theo quy định của Luật Kế toán, vì đây là bằng chứng pháp lý khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra hoặc khi xử lý hồ sơ hoàn thuế.

Doanh thu dưới bao nhiêu thì không bị khấu trừ thuế trên sàn TMĐT?

Theo Nghị định 141/2026/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế GTGT và Luật Thuế TNCN sửa đổi, từ 01/01/2026 hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có tổng doanh thu trong năm dương lịch từ 1 tỷ đồng trở xuống không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT và thuế TNCN.

Đây là mức nâng đáng kể so với ngưỡng 100 triệu đồng/năm áp dụng trước 01/01/2026, phản ánh chủ trương hỗ trợ hộ kinh doanh nhỏ, đồng thời giảm bớt gánh nặng thủ tục cho lượng lớn người bán online quy mô nhỏ trên các sàn TMĐT.

Tuy nhiên trong thực tế vận hành, sàn TMĐT thường vẫn tạm khấu trừ theo từng giao dịch trong năm vì tại thời điểm phát sinh giao dịch, hệ thống chưa xác định được tổng doanh thu cả năm của người bán có vượt ngưỡng hay không. Nếu đến cuối năm, doanh thu thực tế thấp hơn 1 tỷ đồng, người bán có quyền làm thủ tục hoàn lại số thuế đã bị khấu trừ tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp, quy trình tương tự thủ tục hoàn thuế TNDN 2026: điều kiện, hồ sơ và thời gian xử lý.

Giao dịch bị hủy hoặc trả hàng thì thuế đã khấu trừ được xử lý thế nào?

Sàn TMĐT phải bù trừ số thuế đã khấu trừ, nộp thay của giao dịch bị hủy hoặc trả lại hàng với số thuế phải khấu trừ, nộp thay của các giao dịch bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ khác phát sinh trong cùng kỳ kê khai.

Việc bù trừ này được thực hiện tự động trên hệ thống nội bộ của sàn, người bán thông thường không cần làm thủ tục riêng để xin hoàn phần thuế của đơn hàng bị hủy. Trường hợp trong kỳ không có đủ giao dịch phát sinh để bù trừ hết (ví dụ người bán ngừng kinh doanh, tỷ lệ hoàn/hủy quá cao), phần chênh lệch sẽ được xử lý bù trừ sang kỳ kê khai tiếp theo hoặc hoàn trả theo quy định của cơ quan thuế.

Người bán nên đối chiếu định kỳ báo cáo doanh thu — thuế khấu trừ — đơn hủy/trả hàng trên bảng điều khiển (dashboard) của sàn để phát hiện sớm sai lệch, tránh trường hợp bị khấu trừ thừa mà không kịp thời khiếu nại.

Doanh nghiệp vận hành sàn TMĐT có trách nhiệm và rủi ro gì nếu không tuân thủ?

Sàn TMĐT không khấu trừ, khai thiếu hoặc nộp chậm số thuế phải khấu trừ, nộp thay có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, mức phạt từ 1 đến 3 lần số tiền thuế trốn hoặc khai thiếu, cộng thêm tiền chậm nộp 0,03%/ngày tính trên số thuế chậm nộp.

Ngoài chế tài tài chính, doanh nghiệp vận hành sàn còn phải chịu trách nhiệm cung cấp đầy đủ, chính xác dữ liệu giao dịch của người bán khi cơ quan thuế yêu cầu phục vụ thanh tra, kiểm tra. Việc không hợp tác cung cấp dữ liệu hoặc cung cấp sai lệch có thể dẫn đến các biện pháp xử lý bổ sung theo Luật Quản lý thuế.

Đối với các doanh nghiệp FDI đang cân nhắc đầu tư vận hành nền tảng thương mại điện tử tại Việt Nam, việc xây dựng hệ thống kế toán — thuế tuân thủ Nghị định 117/2025/NĐ-CP ngay từ đầu (module khấu trừ tự động, lưu trữ chứng từ điện tử, kết nối dữ liệu với cơ quan thuế) là điều kiện bắt buộc trước khi triển khai vận hành thương mại, tránh phát sinh truy thu và xử phạt sau này.

Câu Hỏi Thường Gặp (FAQ)

Sàn thương mại điện tử khấu trừ, nộp thay thuế là gì?

Là cơ chế theo Nghị định 117/2025/NĐ-CP, hiệu lực từ 01/07/2025, buộc sàn TMĐT có chức năng thanh toán tự động trừ thuế GTGT, TNCN ngay khi giao dịch thanh toán thành công, rồi kê khai, nộp thay cho hộ kinh doanh, cá nhân bán hàng vào ngân sách nhà nước.

Sàn TMĐT nào phải thực hiện khấu trừ thuế?

Chỉ sàn có đồng thời chức năng đặt hàng trực tuyến và thanh toán trực tuyến (như Shopee, Lazada, TikTok Shop, Tiki) mới phải khấu trừ. Sàn chỉ kết nối đặt hàng mà không xử lý thanh toán thì người bán vẫn tự kê khai, nộp thuế như trước.

Mức thuế suất khấu trừ trên sàn TMĐT là bao nhiêu?

Hàng hóa: 1,5% (1% GTGT + 0,5% TNCN). Dịch vụ thông thường: 7% (5% GTGT + 2% TNCN). Vận tải, dịch vụ gắn hàng hóa: 4,5% (3% GTGT + 1,5% TNCN), theo biểu thuế khoán tại Thông tư 40/2021/TT-BTC.

Doanh thu dưới bao nhiêu thì không bị khấu trừ thuế?

Từ 01/01/2026, theo Nghị định 141/2026/NĐ-CP, hộ kinh doanh có doanh thu cả năm từ 1 tỷ đồng trở xuống không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, TNCN — nâng đáng kể so với ngưỡng 100 triệu đồng/năm trước đó.

Người bán có được hoàn thuế nếu bị khấu trừ vượt mức miễn thuế không?

Có. Nếu doanh thu cả năm dưới ngưỡng 1 tỷ đồng nhưng đã bị khấu trừ trong năm, người bán nộp hồ sơ hoàn thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp kèm chứng từ khấu trừ điện tử do sàn cấp.

Giao dịch bị hủy hoặc trả hàng thì thuế đã khấu trừ xử lý thế nào?

Sàn tự động bù trừ số thuế của giao dịch hủy/trả hàng với số thuế phải nộp của các giao dịch khác trong cùng kỳ kê khai, người bán thường không cần làm thủ tục riêng.

Sàn TMĐT không tuân thủ khấu trừ, nộp thay thì bị phạt thế nào?

Có thể bị phạt từ 1-3 lần số thuế trốn/khai thiếu theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, cộng tiền chậm nộp 0,03%/ngày, và phải chịu trách nhiệm cung cấp dữ liệu giao dịch khi cơ quan thuế yêu cầu.

Kết Luận

Cơ chế khấu trừ, nộp thay thuế của sàn TMĐT theo Nghị định 117/2025/NĐ-CP đánh dấu bước chuyển quan trọng trong quản lý thuế thương mại điện tử tại Việt Nam, đồng bộ với việc bỏ thuế khoán từ 01/01/2026 theo Nghị quyết 198/2025/QH15. Doanh nghiệp vận hành sàn cần xây dựng hệ thống khấu trừ, lưu trữ chứng từ tuân thủ ngay từ đầu; hộ kinh doanh, cá nhân bán hàng cần theo dõi chứng từ khấu trừ để đối chiếu và xin hoàn thuế đúng hạn nếu doanh thu dưới ngưỡng chịu thuế.